充质干细胞是组织的建造者和功能维持者：在组织形态发生中负责搭建脚手架，分化出骨骼、软骨、脂肪、纤维等结缔组织，构成器官发育框架结构；而且，间充质干细胞可以分泌数十种因子，为各种分化细胞提供所需营养。其基本特性包括：
1、强大的增殖能力和多向分化潜能：
在适宜的体内或体外环境下分化为成骨细胞、软骨细胞、脂肪细胞、肌细胞、神经细胞、肝细胞、内皮细胞、基质细胞等多种细胞的能力。
2、免疫调节功能：
通过细胞间的相互作用及产生细胞因子干扰树突状细胞功能并抑制T细胞的增殖及其免疫反应，从而发挥免疫重建的功能。
3、来源多样：
取材方便，易于分离、培养、扩增和纯化，多次传代扩增后仍具有干细胞特性。
4、组织支持的“土壤细胞”
充质干细胞是一种滋养层细胞，可能存在于所有组织中，支持多种细胞的生存和生长，包括：造血细胞、胚胎干细胞、肿瘤细胞、神经细胞、肝细胞、内皮细胞等。
5、组织修复的“微药厂”
干细胞在体内发生炎症损伤，释放出炎症信号时，持续地分泌相关抗炎性分子、抗凋亡分子等，在体内形成一个促进组织修复及再生的微环境。
6、信号开关功能
充质干细胞可能具有自身开/关调控机制，而这个调控机制的关键可能在于体内是否存在有炎症信号。
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