ChIP染色质免疫共沉淀

一、技术简介

ChIP（染色质免疫共沉淀）是一种研究蛋白质与DNA相互作用的关键技术，广泛应用于转录因子结合位点鉴定、表观遗传修饰分析等领域。

二、技术原理

利用抗原抗体的特异性结合，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来，能够真实地反映结合在DNA序列上的调控蛋白。

三、应用场景

1.转录调控研究：鉴定转录因子（如p53、NF-κB）的DNA结合位点。

2.表观遗传学：分析组蛋白修饰（如H3K27me3）在基因沉默中的作用。

3.疾病机制：探索癌症中异常蛋白（如MYC）的基因组结合模式。

4.可与qpcr、seq等技术联用。

四、技术优势

ChIP通过甲醛交联捕获细胞内真实状态下蛋白质与DNA的动态结合，避免体外实验的假阴性或假阳性，尤其适合研究转录因子等短暂结合事件。而特异性抗体可又精准富集目标蛋白结合的DNA片段，结合qPCR或测序（ChIP-seq）实现低至千细胞级别的检测（如优化试剂盒），灵敏度显著，且具有广泛适用性。

五、样本类型

新鲜细胞（贴壁细胞/悬浮细胞）、冻存细胞、冻存组织、交联后细胞样本。

六、样本需求

细胞样本：约1×10^7个（可以是1个10cm皿，或以悬浮细胞形式存储于离心管中，或1个T75瓶）；

冻存组织：约70mg；

交联细胞样本：使用1%甲醛交联处理细胞。

七、样本准备&运输

活细胞样本：距离较近的可以将养在皿/T75瓶/离心管内的新鲜细胞样本常温快递（最迟次日达）运输，本市内可闪送或亲自递送，距离较远的，可-80℃冻存细胞干冰运输；

组织样本&交联后细胞样本：-80℃冻存干冰运输。

八、需提供的试剂

检测用ChIP级抗体。

九、实验周期

1-2周（不包含测序）

十、其他

后续检测选择RT PCR时，需提供后续检测的位点。

甲醛交联细胞具体步骤：①在细胞皿中加入终浓度为1%的甲醛，37℃孵育10分钟；②使用含[1mM PMSF，1μg/ml抑肽酶和1μg/ml pepstatin A]的冰冷DPBS洗涤细胞两次。③将细胞刮入含有蛋白酶抑制剂的2ml冰冷的DPBS中，并转移到离心管中，冻存寄送。