RIP(RNA免疫沉淀）

一、技术简介

RIP（RNA Immunoprecipitation，RNA免疫沉淀）技术是一种用于研究细胞内RNA与蛋白质相互作用的关键实验方法，能够揭示RNA结合蛋白（RBP）在转录后调控中的功能机制。

二、技术原理

RIP利用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，通过分离纯化，对结合在复合物上的RNA 进行RT-PCR验证或测序分析，结果更具生物学说服力。

三、应用场景

1.基础机制：解析RNA结合蛋白（如AGO2、Polycomb复合物）的功能及RNA调控网络。

2.疾病研究：比较疾病与正常样本中RNA-蛋白互作差异，发现潜在生物标志物（如癌症相关lncRNA）。

3.药物开发：评估药物对RNA-蛋白互作的影响，加速靶点筛选。

四、技术优势

1.灵敏度较高：可检测低丰度RNA与蛋白的微弱相互作用。

2.动态范围广：从少量细胞（如5×10⁷个）到复杂组织样本均适用。

3.多组学联用：结合RNA-Seq、CLIP-Seq或ChIP-Seq，构建多维调控网络。

五、样本类型

新鲜细胞（贴壁细胞/悬浮细胞）、冻存细胞、冻存组织、交联后细胞样本。

六、样本需求

细胞样本：约1×10^7个（可以是1个10cm皿，或以悬浮细胞形式存储于离心管中，或1个T75瓶）；

冻存组织：约70mg；交联细胞样本：使用1%甲醛交联处理细胞。

七、样本准备&运输

活细胞样本：距离较近的可以将养在皿/T75瓶/离心管内的新鲜细胞样本常温快递（最迟次日达）运输，本市内可闪送或亲自递送，距离较远的，可-80℃冻存细胞干冰运输；

组织样本&交联后细胞样本：-80℃冻存干冰运输。

八、需提供的试剂

检测用ChIP级抗体。

九、实验周期

1-2周（不包含测序）

十、其他

后续检测选择RT PCR时，需提供后续检测的位点。

甲醛交联细胞具体步骤：①在细胞皿中加入终浓度为1%的甲醛，37℃孵育10分钟；②使用含[1mM PMSF，1μg/ml抑肽酶和1μg/ml pepstatin A]的冰冷DPBS洗涤细胞两次。③将细胞刮入含有蛋白酶抑制剂的2ml冰冷的DPBS中，并转移到离心管中，冻存寄送。